De Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed Lelystad is het gespecialiseerde onderdeel dat is belast met de zorg voor het nationaal maritiem archeologische erfgoed. Tevens is de Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed Lelystad het landelijk aanspreekpunt betreffende scheepsarcheologische vondsten.

De Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed Lelystad geeft als volgt vorm aan de door het rijk opgedragen taak:

• Ze beheert en zorgt voor de scheepsvondsten die tijdens de inpoldering van de Zuiderzee zijn gemeld en ook nog heden ten dage worden aangetroffen.
  
  
• Ze wordt betrokken bij plannen die het landschap/waterland ingrijpend zullen gaan veranderen. Het begeleiden en adviseren, bij het ontwikkelen van grote infrastructurele werken, is een belangrijke taak. Doel hiervan is het mogelijk binnen deze projecten aanwezige maritieme erfgoed veilig te stellen middels bescherming of opgraving.
  
  
• Het ontwikkelen van nieuwe hulpmiddelen en technieken die worden gebruikt bij de onderwaterarcheologie
  
  
• Het conserveren en onderzoeken van voorwerpen uit een maritiem milieu.
  
  
• Ze heeft, als enig gespecialiseerd instituut in Nederland, de taak voorlichting te geven aan derden en opleidingen/stageplaatsen (mede) te verzorgen.
  
  
• Het publiceren van resultaten van het wetenschappelijk werk. Ze streeft ernaar een rapportage te verzorgen van elk onderzoek. Daarnaast legt de Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed Lelystad verantwoording af aan het publiek, door presentaties te verzorgen, bij voorkeur in samenwerking met andere maritieme organisaties en musea.